OR2010. Repositorios y Datos Abiertos Enlazados: la visión desde myExperiment

Iré posteando de a poco las notas que tomé durante la excelente 5ta. Conferencia Internacional sobre Repositorios Abiertos a la que tuve el placer de asistir en Madrid, España del 6 al 9 de Julio.

Repositorios y Datos Abiertos Enlazados: la visión desde myExperiment, presentación del orador principal David de Roure

David De Roure es profesor de Ciencias de la Computación en la Escuela de Electrónicas y Ciencias de la Computación de la University of Southampton en el Reino Unido

David explicó myExperiment que permite entender lo que los investigadores compartirán en el futuro: no sólo publicaciones sino verdaderos “paquetes de conocimiento” y “métodos enlazados abiertos”.

En la visión de De Roure, las nuevas habilidades de los científicos para resolver problemas complejos en la actualidad, van de la mano con la creciente digitalización y automatización de la práctica científica. La generación de enormes cantidades de datos hace que en el proceso de investigación las hipótesis se generen a partir de los datos.

myExperiment es como MySpace o Facebook pero para científicos, aunque diferente:

Es un repositorio de métodos de investigación, una red comunitaria social de personas y cosas, un entorno virtual y social de investigación”.

Permite a los científicos almacenar, compartir sus métodos científicos, sus flujos de trabajo, datos, técnicas, etc. El foco del sistema está puesto en los métodos, acentúa De Roure. Lo más importante en todo el desarrollo es tener en cuenta las necesidades de los usuarios científicos, tanto actuales como futuras. Las características que ofrece myExperiment al investigador son:

• Perfiles de Usuarios

• Grupos

• Amigos

• Herramientas para compartir flujos de trabajo, paquetes de diferentes elementos en el proceso de investigación, comentarios, blogs, etc.

• Etiquetas

• Flujos de Trabajo

• Interfase para desarrolladores

• Créditos y atribución de autoría

• Control de privacidad

• Paquetes de Conocimiento

• Instancias múltiples

Lo más interesante de myExperiment es que propone la noción de “paquetes de conocimiento” elementos asociados a personas, grupos y proyectos. Los paquetes de conocimiento están semánticamente relacionados (linked data) y pueden incluir desde publicaciones, presentaciones, material para el aprendizaje, metadatos, resultados de investigación, datos y configuración, flujos de trabajo y sus flujos relacionados, versiones, registros de logs, revisiones, evaluación de los colegas (ratings) y más.

El software que utiliza myExperiment es de código abierto con una licencia BSD. Tiene en cuenta los patrones de la Web 2.0:

myExperiment ha adoptado con éxito un enfoque Web 2.0 al proveer un sitio web social donde los científicos pueden publicar de forma segura sus flujos de trabajo científicos y otros artefactos, compartirlas con grupos y encontrar los de los demás. Si bien comparte muchas características con otros sitios Web 2.0, las características distintivas de myExperiment para satisfacer las necesidades de sus usuarios de investigación son el apoyo al crédito, las atribuciones, provisión de licencias y control preciso sobre la privacidad, los cuales son esenciales para los usuarios de la investigación. Significativamente, la escala de participación de los usuarios trae la perspectiva de la preservación social de flujos de trabajo”.

Para permitir la investigación intensiva en datos, los objetos de investigación deben permitir ir hacia atrás y ver lo que pasó, ejecutarlo nuevamente, reproducir el experimento nuevamente en forma independiente, reutilizarse en nuevos experimentos, garantizar la confiabilidad y ser citables y poder realizar un seguimiento (mantener un registro de todos los pasos, cambios, versiones, personas intervinientes, etc.). Más detalles en el blog de David.

Lo que ofrece myExperiment a los investigadores es la capacidad de registrar, re usar y compartir métodos para permitir una ciencia reproducible, interpretación y confianza en los resultados, soportar el re uso y uso en contextos diferentes de los datos e información, compartir el “cómo” (know-how) y crear capacidad de entender datos. Los temas relativos a autoridad, licencias, gobierno y curaduría digital son tratados más adecuadamente por la comunidad de repositorios abiertos.

myExperiment presenta un video con un caso de uso en Bioinformática, donde se explica cómo un grupo de científicos trabajan conjuntamente en el problema de la Tripanosomiasis Africana en vacas, permite entender mejor las potencialidades que ofrece este sitio.

myExperiment tiene actualmente más de 3000 usuarios, 200 grupos, 1000 flujos de trabajo, 300 archivos y 100 paquetes. Les propongo que vean cómo funciona, por ejemplo al visualizar un perfil de usuario en el sitio

La excelente presentación de David de Roure ya está disponible.

Pronto más notas…

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